Модель роста цепи.
Модель роста цепи основанна на идее метода Монте-Карло. Каждая новая конформация в этой модели генерируется совершенно независимо от предыдущей конформации. Причем подразумевается, что все аминокислоты находятся в вершинах трехмерной решетки. Новая конформация генерируется следующим образом: вначале случайным образом выбирается вершина решетки и в нее помещают первую аминокислоту белка, затем из соседних вершин случайным образом выбирается одна для второй аминокислоты и т.д. Рост цепи заканчивается, когда все аминокислоты уложены или когда возникает "мертвый конец" - т.е. конец, у которого нет соседних пустых мест. При этом при наличии выбора вершина решетки для очередной аминокислоты выбирается так, чтобы энергия конформации соответствовала заданной температуре. Набор полученных конформаций при разных температурах применяется для изучения свойств модельного полимера. Этот метод интересен тем, что расчетные кривые денатурации и ренатурации белка совпадают, однако он применим только к решеточным моделям белка, которые лишь очень приблизительно соответствуют реальным белкам.
Литература: