Метод Монте-Карло.
Метод Монте-Карло отличается от метода молекулярной динамики тем, что каждая следующая конформация определяется не путем решения уравнений Ньютона, а с использованием случайных процессов. Вместо оценки сил, определяющих возрастающие атомные движения, при моделировании методом Монте-Карло просто симулируют относительно большие движения системы и определяет, действительно ли измененная структура энергически возможна при моделируемой температуре. Этот метод позволяет перепрыгивать через энергетические барьеры без затрат времени на их преодоление. При этом рассматривается лишь соотношение энергий конформаций до и после скачка. Поскольку метод Монте-Карло сканирует конформационное пространство молекулы без построения настоящей временной "траектории", он не может давать информации о численных временных зависимостях. Однако, метод намного лучше метода молекулярной динамики для расчёта термодинамических характеристик молекул, например для расчёта спектра возможных конформациё и их энергий.