Исследуется распространение нелинейных волн через границу, разделяющую две различные однородные области в двойной полинуклеотидной цепочке. Расчеты проводятся в рамках модели ДНК, учитывающей различие в массах азотистых оснований и в расстояниях между сахаро-фосфатной цепочкой и центрами масс оснований, связанных с ней посредством β-гликозидной связи С1’-N. Рассматриваются различные возможные комбинации однородных областей, расположенных слева и справа от границы, вычисляются изменения скорости нелинейных волн (v) и размера (d) нелинейных волн вследствие прохождения границы.
Обсуждаются и сравниваются результаты аналитических исследований и компьютерного моделирования нелинейных конформационных волн в ДНК. Такие волны являются решениями уравнений, описывающих вращательные движения оснований большой амплитуды. Показано, что с помощью компьютерных методов удается получить новые нелинейные волновые решения, которые не удавалось получить аналитическими методами. При помощи компьютерных методов удалось также показать, что нелинейные волновые решения обладают устойчивостью по отношению к тепловым колебаниям, и уточнить поведение этих волн при пересечении границы двух однородных областей (АТ и GC).