В статье рассмотрены вопросы прогнозирования динамики региональных гео- и агроэкологических систем и информационного обеспечения экологических моделей. Решение возникающих проблем возможно с использованием комплекса методов сис-темного анализа и общих характеристик сложных систем. Разработанные методологи-ческие принципы использованы в Автоматизированной системе регионального эколо-гического прогноза (АСРЭП), моделирующей развитие геоэкологических систем с ха-рактерным размером от 50 до 5-10 тыс. кв. км на средние и длительные сроки. Показа-ны возможности использования данных стационарных экспериментов при разработке агроэкологических моделей.